Magdalena là công chúa thứ 9 và là hậu duệ thứ 13 của Charles VII, vua Pháp và Marie xứ Anjou. Sau bà, bà có một em trai, Charles, chính là người con cuối cùng của Quốc vương Pháp.

Magdalena đã đính hôn với Ladislaus the Posthumous lúc cậu ta mới 17, còn Magdalena đã 20, tuy nhiên cậu đột ngột qua đời tại Prague vào ngày 23 tháng 11 năm 1457 khi đang chuẩn bị cho cuộc hôn nhân của mình khiến cho hợp đồng hôn nhân không được hoàn thành. Có tin đồn vào thời điểm đó, các đối thủ chính trị của cậu ở Bohemia đã đầu độc cậu; nhưng trong thế kỷ 20, người ta đã chứng minh rằng Ladislaus chết vì bệnh bạch cầu, và đó không phải là một căn bệnh được công nhận trong thời kỳ đấy.

Sau đó, bà kết hôn với Gaston, Hoàng tử của Viana, con trai và người thừa kế của Gaston IV, Bá tước của xứ Foix và Eleanor của Navarre, tại Saint-Jean -'Angngély năm 1461. Họ có hai con:

1. Francis Phoebus (1466–1483), Vua của Navarre
2. Catherine (1470–1517), Nữ hoàng của Navarre, kết hôn năm 1484 với John của Albret (1469–1516).

Chồng bà mất năm 1470; theo đó, khi Gaston IV qua đời vào năm 1472, tài sản của ông được thừa kế bởi con trai của Magdalena, Francis Phoebus. Đức Phanxicô trở thành người thừa kế của Navarre vào năm 1479 sau cái chết của ông cố của ông, John II của Aragon và Navarre, người đã để Navarre trở thành người thừa kế hợp pháp, mẹ chồng của Magdalena, Eleanor. Eleanor chỉ có vài tuần làm hoàng hậu trước khi chính bà qua đời và Francis Phoebus trở thành vua, và mẹ ông hành động như một nhiếp chính cho đến khi ông qua đời, ở tuổi 17, vào năm 1483. Magdalena sau đó đóng vai trò nhiếp chính cho con gái của bà, Catherine, cho đến năm 1494. Trong thời gian này, bà buộc phải chiến đấu với em chồng của mình, John của Foix, người đã tuyên bố ngai vàng của Navarre là người thừa kế của Francis Phoebus.

Magdalena bị Ferdinand II của Aragon bắt làm con tin vào năm 1494. Bà qua đời vào năm sau và sau cái chết của bà, một số xung đột và tranh cãi đã bị nảy lên.